avrdude

TLDR

Read AVR microcontroller

$ avrdude -p [AVR_device] -c [programmer] -U flash:r:[file.hex]:i

Write AVR microcontroller

$ avrdude -p [AVR_device] -c [programmer] -U flash:w:[file.hex]

List available AVR devices

$ avrdude -p \?

List available AVR programmers

$ avrdude -c \?